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Revue d'Intelligence Artificielle

0992-499X
Revue des Sciences et Technologies de l'Information
 

 ARTICLE VOL 24/1 - 2010  - pp.7-26  - doi:10.3166/ria.24.7-26
TITRE
Adaptation d'un algorithme génétique pour la reconstruction de réseaux de régulation génétique : COGARE

RÉSUMÉ
Nous proposons une approche « algorithme génétique » pour la reconstruction génomique. Notre approche introduit le concept d'algorithmie génétique multi-échelle : l'optimisation est conduite simultanément à une échelle locale et à une échelle globale. La fonction d'efficacité est donc hybride. Notre approche prend également en compte plusieurs types de données, dynamiques, statiques, ou imposées. Il en résulte un nouveau logiciel de reconstruction génomique, COGARE. Il est étalonné sur données simulées et comparé aux algorithmes existants. Il est utilisé sur deux cas réels, sur lesquels il révèle des capacités à renvoyer des informations pertinentes au biologiste.


ABSTRACT
We propose a genetic algorithm for genetic reconstruction. Our approach introduces a multi-scale genetic algorithm: the optimization takes place at two levels, one local on single genes, and one global on groups of genes. Hence the efficiency function is hybrid. We also take account of three kinds of data, dynamical, static and supplementary. This is set up in a software: COGARE. It has been tested on simulated data and compared to existing softwares. It has also been used on two real cases, where it proved able to return interesting hints for biologists.


AUTEUR(S)
Julien BRICHE, Yves LACROIX, Alejandro MAASS

MOTS-CLÉS
algorithme génétique, rétro-ingénierie, réseaux génétiques, reconstruction de réseaux, optimisation, puces à ADN.

KEYWORDS
genetic algorithm, reverse engineering, genetic network, network reconstruction, optimisation, microarrays.

LANGUE DE L'ARTICLE
Français

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